静安寺迁至今址后，规模逐渐扩大，至元时，蔚成巨刹。寺内有8处名胜，即：三国时所立“赤乌碑”、南北朝时所植“陈朝桧”、原于神僧智严异行而流传的“虾子潭”、南宋仲依所建“讲经台”、沸井浜中突沸的“涌泉”、诗僧寿宁所筑方丈室“绿云洞”、行人取道渡吴淞江的古渡口“芦子渡”、东晋遗存防御海寇的“沪渎垒”。寿宁搜集历代诗人题咏，编为《静安八咏集》行世，静安寺由此声名远播。明洪武二年(1369)，铸洪武大钟，耗铜六千斤，上有“洪武二年铸，祝皇太子千秋”铭文，至今呜响大殿，声洪震远。
清初以来，寺屡经兴废。雍正年间，住持孚庵，因寺院田产案胜诉，维护了静安寺的田产，并勒石记其事。乾隆六年(1741)礼部侍郎麦焕捐款重修大殿。乾隆四十三年(1778)歙人孙思望倡议集资重修殿宇。上海道(长白)盛保又修建寺前涌泉亭，并于寺东建报恩院供僧众居住。寺僧大海，曾将寺内被火焚余的宋代银杏树干，雕成十八尊罗汉及一尊韦驮像于寺内供奉。咸丰同治之际，静安寺毁于太平天国战火，唯余一座大殿。住持鹤峰在缙绅李朝观、姚曦、浙江富商胡雪岩等资助下，于光绪六年(1880)重建静安寺，翌年四月初八寺宇落成，按佛教仪轨举行隆重的浴佛节，四众云集，车水马龙，商贾辐，蔚为奇观。自此形成有名的一年一度静安寺庙会，“三月三到龙华(看桃花)，四月八到静安(逛庙会)”遂成为沪上民谚民俗。光绪九年(1883)由李朝观作记、住持鹤峰勒碑，《重建静安寺记》碑文今仍保存于大雄宝殿前壁。
光绪二十年(1894)住持正生于大殿左右两侧增建两座楼房，再次修葺全寺，使静安寺恢复旧观。光绪三十年(1904)在上海南翔建“静安南翔塔院”一座，将静安寺历代祖师灵骨迁葬该院，并建祖师祠，供历代祖师牌位。塔院旁建有僧舍，派专人管理。直到民国年间，尚有七十三间房屋，土地六十四亩。
1930-1940年，志法、志汶先后出任住持，任内无所建树，而寺产纠纷兴讼不断，留下许多后患。1941年，德悟法师继任住持，革弊图新，转向佛学教育，注重佛学研究，曾举办数十次佛学讲座，分别礼请应慈、圆瑛、芝峰、丁福保、赵朴初、蒋竹庄等高僧、大德主讲，同时成立静安寺护法会，会同监院密迦整顿寺务，寺风顿有起色。
抗战胜利后，在住持德悟、监院密迦主持下，在原山门之东，另建一座仿唐新山门，由邓散木(铁翁)题额“静安古寺”。并在新山门前、“天下第六泉”井栏一侧，竖立一座古印度阿育王式梵幢，成为静安寺标志。工程竣工后，又逢四月初八日佛诞及静安佛学院开学，在揭幕典礼上，太虚大师以三喜临门，亲自主持剪彩，拈香礼佛，欢喜赞叹。与会僧俗逾万人，成为当时沪上佛界一大盛事。
在此期间，静安寺还于寺后门向华山路，创办静安小学。于南翔建立静安农村实验学校。该校由持松、白圣、赵朴初、毛效同、顾恒(暨南大学农学教授)五人任董事，由大同法师主持教务。两校经费均同静安寺负担。
1947年春，住持德悟、监院密迦委托周孝廉、奚亚夫二律师，联名致函上海市佛教会，主动提出愿将静安寺由子孙剃度制改为十方丛林选贤制。请市佛教会主持推贤选能继任静安寺方丈。同时，静安寺会体僧众也赞同德悟、密迦这一建议，亦函呈上海市佛教会请求改制选贤。于是，上海市佛教会尊重住持德悟法师及全寺僧众愿望，于是年农历三月二十九日，召集诸山长老、护法居士及全寺僧众，举行会议，一致决定该寺改为永久十方丛林，并公推持松法师为改制后首任住持，兼任静安佛学院院长。持松法师接任时，提出四项要求：“一、静安寺既定为十方丛林，今后住持选举，应由佛教会会同本市诸山代表及本寺两序大众公推，以示大公而杜流弊。二、静安寺应作为佛教文化事业中心，逐渐减少酬应，以期成为纯粹弘法之道场。三、寺内经济应行公开，尽力所及，举办佛教慈善公益事业，以符佛陀救世利生之旨。四、本人潜心内学，不善外缘，重违大众嘱托，除寺内行政大计如需本人主持外，其余事务，概由监院领导诸执事分别负责。所有琐务应酬，幸勿相累。”获得与会者一致通过。持松法师担任住持后，任命白圣为监院，四项规约，得以实施，寺务大有进展。
静安佛学院建于1946年春，聘太虚大师为首任院长。后持松法师继任院长，白圣为副院长。育枚为教导主任，圆明、守成、妙然先后任监学。师资一时称盛：原金陵大学哲学系主任本光法师讲授佛学概论、比较宗教学、唯识论等课程，道源法师讲授“贤首教仪”，度寰法师讲授因明学，林子青教授讲印度佛教史，关德栋、陈诒先教授先后讲国文，秀奇法师讲授美术。学僧行后就读者近百人。学风严谨，学术气氛甚浓厚，来院作讲座的先后有太虚大师、北平中国佛学院院长周叔迦、法舫法师、能海上师、雪嵩法师、暨南大学牟润孙教授、金陵大学文学院院长倪青原教授等。第二年，学僧自己创办了《学僧天地》杂志，除发表本院学僧研究文章外，为《学僧天地》撰搞的著名人士有南洋慈航法师、佛教学者大醒、法尊、霭亭、南亭、雪嵩、演培、北京大学东方语言学系主任季羡林、著名教育家、作家叶圣陶先生等。因经费困难，仅出六期，但在佛教界有一定影响。1948年初，静安佛学院曾易名为静安学苑。
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