华东理工大学是教育部重点院校中最早设立工科类药学专业的学校，设立的专业包括化学制药和抗菌素，1998 年化学制药专业调整为制药工程专业。2008年入选教育部特色专业，2010年入选教育部首批“卓越工程师计划”试点专业，2011年获批与上海医药集团共建国家级工程实践教育中心，2012年入选教育部专业综合改革试点。本专业于2012年底通过国家工程教育专业认证，为国内首个通过认证的同名专业。
学院制药工程专业的师资力量雄厚，教师具有丰富的教学、科研工作经验和能力。现有教职工 25 人，其中教授 11 人，副教授 10 人，讲师 4 人。本专业自 1953 年招生以来，已为国家培养输送了包括中国科学院院士在内的超过 3500 名毕业生，其中许多人在各自的企事业单位中担任领导工作，发挥着重要的作用。近年来，本专业承担了若干个国家级的科研项目，开发了若干个二类新药，并与企业联手开发了许多药物及中间体，体现了专业教师的科研水平。
除了本科教学外，本专业还设有制药工程与技术博士和硕士点，以及制药工程工程硕士点。每年招收本科生 90 名左右（其中30名将被遴选入卓越工程师班），硕士生 40 名左右。本专业拥有实验室面积 1000 多平方米，部分改造后达到了国内一流水平，装备了一批精良的实验仪器设备。同时，学校还拥有实力雄厚的国家级的分析测试中心。近年来围绕着新世纪对高素质人才提出的更高要求，本专业对实验教学的内容与形式作了相应的改进和提高，还与上海市中医药大学合作培养复合型的中药制药工程技术的人才。本专业涉及化学制药、中药制药、生物制药及农药制药等领域，它们均属国家重点发展的生物医药行业领域，在国计民生中占有极其重要的地位。本专业的目标是培养具有厚实的理论知识、宽阔的专业知识、扎实的实验技能，能从事药物的研究开发，更擅长从事制药企业工程技术管理工作的高级制药工程技术人才。
本专业设立的主要课程包括：有机化学、物理化学、生物化学、化工原理、工程制图、药物化学、药物分析、药理学、制药工程学、制药工艺学、药物合成反应、药品生产质量管理规范（GMP）等。
本专业培养的毕业生分配去向主要有：出国或考研究生继续深造，中外独资或合资的制药企业、药物研制开发的研究单位及设计单位、药品质检单位、药品流通单位及教学单位。此外，本专业毕业生亦能适应与食品、日化及精细化工等相关的企事业单位。
本专业学制 4 年，学生达到教学要求后，可获得本科毕业证书和工学学士学位证书。
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