【说明】这篇本纪以编年记事的形式，记载了秦始皇及秦二世一生的主要活动和所发生的重大事件，条理清晰，内容丰富，真实地反映了秦王朝建立前后四十年间风云变幻的历史场面。
秦国，从襄公被封为诸侯以后，经过二十几代人的苦心经营，在政治、经济、军事上，对山东六国都占据了绝对的优势，天下统一也已成为大势所趋。秦始皇顺时乘势，奋发努力，终于兼并六国，建立了我国历史上第一个专制主义中央集权的封建国家，接着他又在政治、经济、军事、文化诸方面实施了一系列重大措施，以健全和巩固新政权。然而，倏忽之间，这个空前强大的封建王朝就被农民起义的汹涌波涛冲毁了。应该说，秦始皇对中华民族的形成和壮大所做出的重大贡献，由他领导制定的一系列管理国家的法令、制度、方针、政策对后世的深远影响，在中国的历史上是永远不会磨灭的。可惜的是，由于他的骄横残暴，滥用民力，横征暴敛，严刑酷法，接着昏庸的秦二世又在这方面继承了他的衣钵，变本加厉，不仅使他的许多本来可能有利于社会经济、文化发展的政策并未能起到应有的作用，使广大人民重新陷入水深火热之中，而且也加速了秦王朝的灭亡。
这篇本纪以秦始皇和秦二世的活动为中心，逐年叙写，简中有繁，概括与重笔相间，通篇读来，不仅给人以历史的原貌，还可以使人感到一切都是历史的必然，两代帝王的形象活脱脱地呈现在眼前。写秦始皇，首先简要地历数了他在前代取得重大胜利的基础上，调兵遣将，乘胜进击，并吞六国的过程，中间穿插记叙了粉碎嫪毐（ｌàｏ ǎｉ，烙蔼）吕不韦集团、李斯上书谏逐客、尉缭献计、荆轲行刺等事件。然后依次叙写他统一天下后的言行和事件，一方面列举了诸如议帝号、改历法服色、分天下为三十六郡、统一法律、统一度量衡和文字、巡行刻石、南取陆梁地、北击匈奴、修筑长城、咸阳宫关于学古与师今的一场大辩论、焚书坑儒等等；另一方面又列举了秦始皇不惜巨资派人入海求仙、大兴土木建造阿房宫和骊山陵墓、随意杀戮无辜等等。通过以上这些，不仅表现了秦始皇的政治、军事才能和礼贤下士、重用人才的作风，而且也表现了他的愚昧荒诞、暴虐凶残，为了自己生前死后的享受而不惜民力民财的骄奢淫逸。其中有许多典型的事例或通过叙写，或借用他人之口，补写始皇帝之性情，均写得有声有色，活灵活现。一个杰出君主同时又是凶狠暴君的秦始皇的形象就这样被生动形象地勾勒出来。写秦二世，则施以重墨，着意叙写了在秦始皇逝世之后，他与赵高合谋篡权的详细经过和他的极端残虐、极端腐朽，生动深刻地揭露出一个昏庸暴君和一个阴谋家的丑恶嘴脸。尤其是对赵高杀二世、子婴杀赵高的精雕细刻，曲折惊险，饱含着作者对二世和赵高的深深憎恶。
历史发展的总趋势总是越来越走向进步。司马迁以其朴素的唯物主义历史观，把考察秦朝“成败兴坏之纪”的思想贯穿于《秦始皇本纪》全篇，不仅给人们展示了秦始皇这个大誉大毁集于一身的封建帝王的一生，而且一直在探寻着秦朝的统一及灭亡的原因，他在篇末的论赞中大段引述西汉政论家贾谊《过秦论》的内容，并称赞说：“善哉乎贾生之推言之也！”所谓“过秦”，就是批评秦的过失。《过秦论》是一篇气势磅礴、很有感染力的政论文，它把秦朝灭亡的原因归结为“仁义不施，攻守之势异也”，这对我们认识秦朝的历史有一定参考意义。
秦始皇帝，是秦国庄襄王的儿子。庄襄王曾以秦昭王的孙子的身份作为人质抵押在赵国，在那里看见吕不韦的妾，十分喜爱，就娶了她，生了始皇。秦始皇是秦昭王四十八年（前529）在邯郸出生的。出生后，起名叫政，姓赵。在他十三岁那年，庄襄王去世，政继承王位做了秦王。这时候，秦国的疆域已吞并了巴郡、蜀郡和汉中，跨过宛县占据了楚国的郢（ｙǐｎｇ，影）都，设置了南郡；往北收取了上郡以东，占据了河东、太原和上党郡；往东到荥阳，灭掉西周、东周两国，设置了三川郡。吕不韦为相国，封十万户，封号是文信侯。招揽宾客游士，想借此吞并天下。李斯为舍人。蒙骜、王齮、麃公等为将军。秦王年纪小，刚刚登上位，把国事委托给大臣们。
晋阳发生叛乱，始皇元年（前246），将军蒙骜前去讨伐，平定了叛乱。二年（前245），麃公率兵攻打卷（ｑｕāｎ，圈）邑，杀了三万人。三年（前244）蒙骜攻打韩国，夺取十三座城邑。王齮死了。将军蒙骜攻打魏国（ｃｈàｎｇ，畅）、有诡。这年发生严重饥荒。四年（前243），攻取了邑、有诡。三月，停止进军。秦国人质从赵国返国，赵国太子也从秦国回赵。十月庚寅日，蝗虫从东方飞来，遮天蔽日。全国瘟疫流行。老百姓献上一千石粮食，授给爵位一级。五年（前242），将军蒙骜攻打魏国，平定了酸枣、燕邑、虚邑、长平、雍丘、山阳城，全部攻下来，夺取了二十个城邑。开始设置东郡。这年冬天打雷了。六年（前241），韩国、魏国、赵国、卫国、楚国一起进攻秦国，攻占了寿陵邑。秦国派出军队，五国停止了进军。秦国攻下卫国，逼近东郡，卫君角率领他的宗族迁居到野王，凭借山势险阻，保住了魏国的河内。七年（前240），彗星先在东方出现，又在北方出现，五月，又在西方出现。将军蒙骜在攻打龙、孤、庆都时战死了，秦军回师进攻汲县。彗星又在西方连续出现了十六天。夏太后去世。
八年（前239），秦王弟长安君成（ｊｉāｏ，骄）率领军队攻打赵国，在屯留造反了，结果他手下的军官都被杀死，那里的百姓被迁往临洮（ｔáｏ，逃）。前来讨伐成的将军壁死了，屯留人士兵蒲鶮（ｈè，鹤）。又造反，结果战死，死后还遭到鞭戮尸体的酷刑。黄河的鱼大批涌上岸边，人们赶着马车到东方去找食物。
嫪毐（ｌàｏ ǎｉ，涝矮）被封为长信侯，赐给他山阳的土地，让他居住在那里。宫室、车马、衣服、园林、打猎都听凭嫪毐的意愿。事情无论大小全由嫪毐决定。又把河西太原郡改为嫪毐的封国。
九年（前238），彗星又出现了，有时划过整个天空。进攻魏国的垣邑和蒲阳邑。四月，秦王留宿在雍地。己酉日，秦王举行表示已经成年的加冠礼，佩带宝剑。长信侯嫪毐作乱的事被发觉，他盗用秦王的大印和太后的印玺，发动京城部队和侍卫、官骑、戎狄族首领、家臣，企图攻打蕲（ｑí，其）年宫，发动叛乱。始皇得知后，命令相国昌平君、昌文君发兵攻击嫪毐。在咸阳作战中，杀死数百人，秦王都授给他们以爵位，连同参战的宦官，也授给爵位一级。嫪毐等人战败逃走。当即通令全国：如谁活捉到嫪毐，赐给赏钱一百万；杀掉他，赐给赏钱五十万。嫪毐等人全部被抓获。卫尉竭、内史肆、佐戈竭、中大夫令齐等二十人都被判处枭（ｘｉāｏ，消）刑，即斩下头颅悬挂在木竿上。对嫪毐处以五马分尸的车裂之刑以示众，并灭了他的家族。至于他的家臣，罪轻的处以鬼薪之刑，即服为宗庙打柴三年的劳役。还有四千余家被剥夺了官爵，迁徙到蜀郡，住在房陵县。这个月虽属孟夏，但十分寒冷，有冻死的人。杨端和进攻衍氏邑。彗星出现在西方，不久又出现在北方，从北斗往南接连出现了八十天。
十年（前237），相国吕不韦因受嫪毐牵连而被罢官。桓齮为将军。齐国和赵国派来使臣摆酒祝贺。齐国人茅焦劝说秦王道：“秦国正以夺取天下为大事，而大王有流放太后的名声，恐怕诸侯听说了，因此而背弃秦国啊。”秦王于是把太后从雍地接回咸阳，仍让她住在甘泉宫。
秦国大规模地进行搜索，驱逐在秦国做官的别国人。李斯上书劝说，秦王才废止了逐客令。李斯借机劝说秦王，建议首先攻取韩国，以此来恐吓其它国家，于是秦王派李斯去降服韩国。韩王为此而担忧，就跟韩非谋划削弱秦国。大梁人尉缭来到秦国，劝说秦王道：“凭着秦国这样强大，诸侯就象郡县的首脑，我只担心山东各国合纵，联合起来进行出其不意的袭击，这就是从前智伯、夫差、湣（ｍǐｎ，敏）王所以灭亡的原因所在。希望大王不要吝惜财物，给各国权贵大臣送礼，利用他们打乱诸侯的计划，这样只不过损失三十万金，而诸侯就可以完全消灭了。”秦王听从了他的计谋，会见缭时以平等的礼节相待，衣服饮食也与尉缭一样。尉缭说：“秦王这个人，高鼻梁，大眼睛，老鹰的胸脯，豺狼的声音，缺乏仁德，而有虎狼之心，穷困的时候容易对人谦下，得志的时候也会轻易地吃人。我是个平民，然而他见到我总是那样谦下。如果秦王夺取天下的心愿得以实现，天下的人就都成为奴隶了。我不能跟他长久交往。”于是逃走，秦王发觉，坚决劝止，让他当秦国的最高军事长官，始终采用了他的计谋。李斯执掌国政。
十一年（前236），主将王翦、次将桓齮、末将杨端和三军并为一军去攻打邺邑，没有攻下，先夺取了九座城邑。王翦就另外去攻打阏（è，恶）与、橑（ｌｉáｏ，辽）杨，留下王橑继续攻打邺邑。
王翦统率军队十八天，让军中年俸禄不满百石的小官回家，十人中挑选二人留在军队。桓齮夺取了邺城，王翦又命令他率兵去攻打栎阳，自己攻打阏与，都攻了下来。十二年（前235），文信侯吕不韦死去，被其宾客偷偷安葬在洛阳北芒山。对于他的家臣参加哭吊的，如是晋国人，就赶出国境；如是秦国人，俸禄在六百石以上的官剥夺其爵位，迁到房陵；俸禄在五百石以下而未参与哭吊的，也迁到房陵，但不剥夺爵位。从此以后，掌管国事不遵循正道象嫪毐、吕不韦这样的，，就登记没收他的家人充作奴隶，不得做官，全部照此办理。秋天，免除迁居蜀郡的嫪毐家臣的赋税徭役。这时，全国大旱，从六月起，直到八月才下了雨。
十三年（前234），桓齮攻打赵国平阳邑，杀了赵将扈（ｈù，护）辄，斩首十万人。秦王到河南去。正月，彗星出现在东方。十月，桓齮攻打赵国。十四年（前233），在平阳攻击赵军，攻占了宜安，打败了赵国军队，杀死了赵国的将军。桓齮平定了平阳、武城。韩非出使到秦国，秦国采纳了李斯的计谋，扣留了韩非，韩非死在云阳。韩王请求向秦称臣。
十五年（前232），秦国大举出兵，一路到达邺县，一路到达太原，攻占了狼孟。这一年发生了地震。十六年（前231）九月，派军队去接收原韩国南阳一带土地，任命腾为代理南阳太守。开始命令男子登记年龄，以便征发兵卒、徭役。魏国向秦国献地。秦国设置丽邑。十七年（前230），内史腾去攻打韩国，擒获了韩王安，收缴了他的全部土地。把那个地方设置为郡。命名为颍川郡。又发生了地震。华阳太后去世。人民遭遇到大饥荒。
十八年（前229），秦大举兴兵攻赵，王翦统率上地的军队，攻占了井陉。杨端和率领河内的军队，羌瘣（ｈｕì，会）攻打赵国，杨端和包围了邯郸城。十九年（前228），王翦、羌瘣全部平定打下了赵国的东阳，俘获赵王。他们又想率兵攻打燕国，驻扎在中山。秦王到邯郸去，找到当初与秦王生在赵国时的母家有仇的那些人，把他们全部活埋了。秦王返回，经由太原、上郡回到都城。秦始皇的母太后去世。赵公子嘉率领他的宗族几百人到代地，自立为代王，向东与燕国的军队会合，驻扎在上谷郡。这年发生大饥荒。
二十年（前227），燕太子丹担心秦国军队打到燕国来，十分恐慌，派荆轲去刺杀秦王。秦王发现了，处荆轲以肢解之刑来示众，然后就派遣王翦、辛胜去攻打燕国。燕国、代国发兵迎击秦军，秦军在易水西边击溃了燕军。二十一年（前226），王贲（ｂēｎ，奔）去攻打楚国。秦王增派援兵到王翦军队中去，终于打败燕太子的军队，攻占了燕国的蓟城，拿到了燕太子丹的首级。燕王向东收取了辽东郡的地盘，在那里称王。王翦推说有病，告老还乡。新郑造反。昌平君被迁谪到郢城。这一年下了大雪，雪厚二尺五寸。
二十二年（前225），王贲去攻打魏国，引汴河的水灌大梁城，大梁城墙塌坏，魏王假请求投降，秦军取得了魏国的全部土地。
二十三年（前224），秦王再次诏令征召王翦，强行起用他，派他去攻打楚国。攻占了陈县往南直到平舆县的土地，俘虏了楚王。秦王巡游来到郢都和陈县。楚将项燕拥立昌平君做了楚王，在淮河以南反秦。二十四年（前223），王翦、蒙武去攻打楚国，打败楚军，昌平君死，项燕于是也就自杀了。
二十五年（前222），大规模举兵，派王贲为将领，攻打燕国的辽东郡，俘获燕王姬喜。回来时又进攻代国，俘虏了代王赵嘉。王翦于是平定了楚国的长江以南一带，降服了越族的首领，设置了会稽郡。五月，秦国为庆祝灭掉五国而下令特许天下聚饮。
二十六年（前221），齐王田建和他的相国后胜派军队防守齐国西部边境，断绝和秦国的来往。秦王派将军王贲经由燕国往南进攻齐国，俘获了齐王田建。
秦国刚统一天下，命令丞相、御史说：“从前韩王交出土地献上印玺，请求做守卫边境的臣子，不久又背弃誓约，与赵国、魏国联合反叛秦国，所以派兵去讨伐他们，俘虏了韩国的国王。我认为这很好，因为这样或许就可以停止战争了。赵王派他的相国李牧来订立盟约，所以归还了他们抵押在这里的质子。不久他们就违背了盟约，在太原反抗我们，所以派兵去讨伐他们，俘获了赵国的国王。赵公子嘉竟然自立为代王，所以就派兵去灭了赵国。魏王起初已约定归服于秦，不久却与韩国、赵国合谋袭击秦国，秦国官兵前去讨伐，终于打败了他们。楚王献出青阳以西的地盘，不久也背弃誓约，袭击我南郡，所以派兵去讨伐，俘获了楚国的国王，终于平定了楚地。燕王昏乱糊涂，他的太子丹竟然暗中派荆轲来做刺客，秦国官兵前去讨伐，灭掉了他的国家。齐王采用后胜的计策，继绝了与秦国的使臣来往，想要作乱，秦国官兵前去讨伐，俘虏了齐国国王，平定了齐地。我凭着这个渺小之身，兴兵诛讨暴乱，*的是祖宗的神灵，六国国王都依他们的罪过受到了应有的惩罚，天下安定了。现在如果不更改名号，就无法显扬我的功业，传给后代。请商议帝号。”丞相王绾（ｗǎｎ，碗）、御史大夫冯劫、廷尉李斯等都说：“从前五帝的土地纵横各千里，外面还划分有侯服、夷服等地区，诸侯有的朝见，有的不朝见，天子不能控制，现在您兴正义之师，讨伐四方残贼之人，平定了天下，在全国设置郡县，法令归于一统，这是亘古不曾有，五帝也比不上的。我们恭谨地跟博士们商议说：‘古代有天皇、有地皇、有泰皇，泰皇最尊贵。’我们这些臣子冒死罪献上尊号，王称为‘泰皇’。发教令称为‘制书’，下命令称为‘诏书’，天子自称为‘朕’。秦王说：“去掉‘泰’字，留下‘皇’字，采用上古‘帝’的位号，称为‘皇帝’，其它就按你们议论的办。”于是下令说：“可以”。追尊庄襄王为太上皇。又下令说：“我听说上古有号而没有谥，中古有号，死后根据生前品行事迹给个谥号。这样做，就是儿子议论父亲，臣子议论君主了，非常没有意义，我不取这种做法。从今以后，废除谥法。我就叫做始皇帝，后代就从我这儿开始，称二世、三世直到万世，永远相传，没有穷尽。”
秦始皇按照水、火、木、金、土五行相生相克、终始循环的原理进行推求，认为周朝占有火德的属性，秦朝要取代周朝，就必须取周朝的火德所抵不过的水德。现在是水德开始之年，为顺天意，要更改一年的开始。群臣朝见拜贺都在十月初一这一天。衣服、符节和旗帜的装饰，都崇尚黑色。因为水德属阴，而《易》卦中表示阴的符号阴爻（ｙáｏ，遥）叫做“元”，就把数目以十为终极改成以六为终极，所以符节和御史所戴的法冠都规定为六寸，车宽为六尺，六尺为一步，一辆车驾六医马。把黄河改名为“德水”，以此来表示水德的开始。刚毅严厉，一切事情都依法律决定，刻薄而不讲仁爱、恩惠、和善、情义，这样才符合五德中水主阴的命数。于是把法令搞得极为严酷，犯了法久久不能得到宽赦。
丞相王绾等进言说：“诸侯刚刚被打败，燕国、齐国、楚国地处偏远，不给它们设王，就无法镇抚那里。请封立各位皇子为王，希望皇上恩准。”始皇把这个建议下交给群臣商议，群臣都认为这样做有利。廷尉李斯发表意见说：“周文王、周武王分封子弟和同姓亲属很多，可是他们的后代逐渐疏远了，互相攻击，就像仇人一样，诸侯之间彼此征战，周天子也无法阻止。现在天下*您的神灵之威获得统一，都划分成了郡县，对于皇子功臣，用公家的赋税重重赏赐，这样就很容易控制了。要让天下人没有邪异之心，这才是使天下安宁的好办法啊。设置诸侯没有好处。”始皇说：“以前，天下人都苦于连年战争无止无休，就是因为有那些诸侯王。现在我依仗祖宗的神灵，天下刚刚安定如果又设立诸侯国，这等于是又挑起战争想要求得安宁太平，岂不困难吗？廷尉说得对。”
于是把天下分为三十六郡。每郡都设置守、尉、监。改称人民所做“黔首”。下令全国特许聚饮以表示欢庆。收集天下的兵器，聚集到咸阳，熔化之后铸成大钟，十二个铜人，每个重达十二万斤，放置在宫廷里。统一法令和度量衡标准。统一车辆两轮间的宽度。书写使用统一的隶书。领土东到大海和朝鲜，西到临洮、羌中，南到北向户，往北据守黄河作为要寒。沿着阴山往东一直到达辽东郡。迁徙天下富豪人家十二万户到咸阳居住。诸如祖庙及章台宫、上林苑都在渭水南岸。秦国每灭掉一个诸侯，都按照该国宫室的样子，在咸阳北面的山坡上进行仿造，南边濒临渭水，从雍门往东直到泾、渭二水交会处，殿屋之间有天桥和环行长廊互相连接起来。从诸侯那里虏得的美人和钟鼓乐器之类，都放到那里面。
二十七年（前220），秦始皇去巡视陇西、北地，穿过鸡头山，路经回中。于是在渭水南面建造信宫。不久，又把信宫改名叫极庙，以象征处于天极的北极星。从极庙开通道路直达郦山，又修建了甘泉前殿。修造两旁筑墙的甬道，从咸阳一直连接到骊山。这一年，普遍赐给爵位一级。修筑供皇帝巡行用的通向全国各地的驰道。
二十八年（前219），始皇到东方去巡视郡县，登上邹县峄（ｙì，译）山。在山上立了石碑，又跟鲁地儒生们商议，想刻石以颂扬秦之德业，商议在泰山祭天、在梁父山祭地和遥祭名山大川的事情。于是登上泰山，树立石碑，筑起土坛，举行祭天盛典。下山时，突然风雨大作，始皇歇息在一颗树下，因此赐封那颗树为“五大夫”，接着在梁父山举行祭地典礼，在石碑上镌刻碑文。碑文是：
皇帝登基即位，创立昌明法度，臣下端正谨慎。就在二十六年（前222），天下归于一统，四方无不归顺。亲自巡视远方，登临这座泰山，东方一览极尽。随臣思念伟绩，推溯事业本源，敬赞功德无限。治世之道实施，诸种产业得宜，一切法则大振，大义清明美善，传于后代子孙，永世承继不变。皇帝圣明通达，既已平定天下，毫不懈怠国政。每日早起晚睡，建设长远利益，专心教化兴盛。训民皆以常道，远近通达平治，圣意人人尊奉。贵*清楚分明，男女依礼有别，供职个个虔敬。光明通照内外，处处清净安泰，后世永续德政。教化所及无穷，定要遵从遗诏，重大告诫永世遵奉。
于是就沿着渤海岸往东走，途经黄县、腄县，攀上成山的顶峰，又登上之罘（ｆú，浮）山，树立石碑歌颂秦之功德，然后离去。
又往南走登上了琅邪山，十分高兴，在那里停留了三个月。于是迁来百姓三万户到琅邪台下居住，免除他们十二年的赋税徭役。修筑琅邪台。立石刻字，歌颂秦之功德，表明自己因如愿以偿而感到满意的心情。碑文说：
二十八年（前219），皇帝刚刚登基。端正一切法度，整治万物纲纪。彰明人事之宜，提倡子孝父慈。皇帝圣智仁义，宣明各种道理。亲临东土安抚，慰劳视察兵士。大事业已完毕，巡行滨海之地。皇帝伟大功绩，操劳根本大事。实行重农抑商，为使百姓富裕。普天之下同心，顺从皇帝意志。统一器物度量，统一书写文字。日月照耀之处，车船所到之地，无不遵奉王命，人人得志满意。顺应四时行事，自有大秦皇帝。整顿恶劣习俗，跋山涉水千里。怜惜黎民百姓，日夜不肯歇息。除疑惑定法律，无人不守法纪。地方长官分职，各级官署 治理，举措必求得当，无不公平整齐。皇帝如此圣明，亲自视察四方。无论尊卑贵*，不越等级规章。*邪一律不容，务求忠贞贤良。事情不分大小，竭力不倦争强。无论远处近处，只求严肃端庄。正直敦厚忠诚，事业才能久长。皇帝大恩大德，四方均得安抚。诛除祸乱灾害。为国谋利造福。劳役不误农时，百业繁荣富足。黎民安居乐业，不再用兵动武。六亲终得相保，盗寇从此尽除。欢欣接受教化，法规都能记住。天地四方之内，尽是皇帝之土。西边越过沙漠，南边到达北户。东边到达东海，北边越过大夏。人迹所到之处，无不称臣归服。功高盖过五帝，恩泽遍及马牛。无人不受其德，家家安宁和睦。
秦王兼有天下，建立名号称做皇帝，亲临东土安抚百姓，到达琅邪。列侯武成侯王离、列侯通武侯王贲、伦侯建成侯赵亥、伦侯昌武侯成、伦侯武信侯冯毋择、丞相隗（ｋｕí，逵）林、丞相王绾、卿李斯、卿王戊、五大夫赵婴、五大夫杨樛（ｊｉū，究）随从着在海上一起议论皇帝的功德。都说：“古代的帝王，土地不超过千里，诸侯各守受封之土，朝见与否各异。互相攻伐侵犯，暴乱残杀不止，还要刻金镂石，立碑夸耀自己。古代五帝三王，知识教育不同，法令制度不明，借助鬼神之威，欺凌压迫远方，其实不称其名，所以不能久长。他们还未死，诸侯业已背叛，法令名存实亡。当今皇帝统一海内，全国设立郡县，天下安定太平。显明祖先宗庙，施行公道德政，皇帝尊号大成。群臣齐颂皇帝，功德刻于金石，树作典范永恒。”
刻石事情完毕，齐地人徐市等上书，说大海之中有三座神山，名叫蓬莱、方丈、瀛洲，有仙人居住在那里。希望能斋戒沐浴，带领童男童女前往求仙。于是就派徐市挑选童男童女几千人，到海中去寻找仙人。
始皇返回京城，路经彭城，斋戒祈祷，想要从泗水中打捞出那只落水的周鼎。派了一千人潜入水底寻找，没有找到。于是向西南渡过淮河，前往衡山、南郡。乘船顺江而下，来到湘山祠。遇上了大风，几乎不能渡河。皇上问博士说：“湘君是什么神？”博士回答说：“听说是尧的女儿，舜的妻子，埋葬在这里。”始皇非常生气，就派了三千服刑役的罪犯，把湘山上的树全部砍光，因为当地是红土，所以使山变成了赭红色。皇上从南郡经由武关回到京城。
二十九年（前218），始皇到东方去巡游。到达阳武县博浪沙时，遭到张良和一名力士的行刺，刺客误中副车，始皇受了惊吓，捉拿刺客没有捉到，就命令全国大规模搜捕了十天。
登上之罘山，刻石立碑，碑文是：
二十九年（前218），正值仲春时节，春日阳气上升。皇帝东来游览，巡行登上之罘，观赏大海汪洋。诸臣赞赏景物，追颂伟业初创。圣君始建治道，确定制度法规，彰明准则纪纲。对外教化诸侯，广施礼乐恩德，大义公理显扬。六国之君邪僻，贪利永无满足，虐杀不止疯狂。皇帝哀怜民众，发师前往征讨，武德奋扬大振。仗义讨伐守信，声威光烈遍传，海内无不归顺。彻底消除强暴，努力拯救万民，遍安四方远近。明法普遍施行，天下治理安定，永为法则无伦。伟大啊！天地神州赤县，圣意共同遵循。群臣歌颂功德，请求刻于石碑，表率千古永不陨。
在东观，又刻碑文说：
二十九年（前218），皇帝春日出游，巡行来到远方。幸临东海之滨，登上之罘高山，观赏初升朝阳。遥望广阔绚丽，众臣推原思念，圣道灿烂辉煌。圣法刚刚实行，对内清理陋习，对外诛灭暴强。军威远扬四海，震撼四面八方，终于禽灭六王。开拓一统天下，灭绝种种灾害，兵器永远收藏。皇帝修明圣德，经营治理天下，明视兼听不倦。树立申明大义，设置种种器物，全有等级标志。大臣安守职分，都知各自事务，诸事毕无猜疑。百姓移风易俗，远近同一法度，终身守法不移。贯常职务已定，后代遵循先业，永远承袭圣治。群臣颂扬大德，敬赞圣明伟业，请刻之罘永志。
不久，始皇前往琅邪，经由上党返回京城。
三十年（前217），没有什么事情。
三十一年（前216）十二月，因为一首民谣说“帝若学之（仙）腊嘉平”，始皇有求仙之志，所以把腊月改名为“嘉平”。赐给每个里（一百户）六石米，二只羊。始皇在咸阳穿便装出行，和四个武士一起，晚上在兰池遇见了强盗，情势危急，武士们打死了强盗，于是在关中大规模搜查了二十天。米价每石一千六百钱。
三十二年（前215），始皇前往碣石，派燕国人卢生访求方士羡门、高誓。在碣石山门刻石立碑。毁坏了城墙，挖通了堤防。所以碑文说：
皇帝兴师用兵，诛灭无道之君，要把反叛平息。武力消灭暴徒，依法平反良民，民心全都归服。论功行赏众臣，惠泽施及牛马，皇恩遍布全国。皇帝振奋神威，以德兼并诸侯，天下统一太平。拆除关东旧城，挖通河川堤防，夷平各处险阻。地势既已平坦，众民不服徭役，天下都得安抚。男子欣喜耕作，女子修治女红，事事井然有序。皇恩覆盖百业，合力勤勉耕田，无不乐业安居。群臣敬颂伟业，敬请镌刻此石，永留典范规矩。
于是派韩终、侯公、石生去寻找仙人不死之药。始皇巡视北部边界，经由上郡返回京城。燕国人卢生被派入海求仙回来了。为了鬼神的事，他奏上了宣扬符命占验的图录之书，上面写着“灭亡秦朝的是胡”。据说这个“胡”字是指胡亥，可是始皇没有理解，就派将军蒙恬率兵三十万去攻打北方的胡人，夺取了黄河以南的土地。
三十三年（前214），征发那些曾经逃亡的犯人，典押给富人做奴隶、主家又给娶了妻子的人，以及商贩，去夺取陆梁地区，设置桂林、象郡、南海等郡，把受贬谪的人派去防守。又在西北驱逐匈奴。从榆中沿黄河往东一直连接到阴山，划分成四十四个县。沿河修筑城墙，设置要塞。又派蒙恬渡过黄河去夺取高阙、阳山、北假一带地方，筑起堡垒以驱逐戎狄。迁移被贬谪的人，让他们充实新设置的县。发布禁令不准祭祀主稼穑的灵星。彗星出现在西方。三十四年（前213），贬谪执法不正的法官去修筑长城及戌守南越地区。
秦始皇在咸阳宫摆设酒宴，七十位博士上前献酒颂祝寿辞。仆射（ｙè，夜）周青臣走上前去颂扬说：“从前秦国土地不过千里，仰仗陛下神灵明圣，平定天下，驱逐蛮夷，凡是日月所照耀到的地方，没有不臣服的。把诸侯国改置为郡县，人人安居乐业，不必再担心战争，功业可以传之万代。您的威德，自古及今无人能比。”始皇十分高兴。博士齐人淳于越上前说：“我听说殷朝、周朝统治天下达一千多年，分封子弟功臣，给自己当作辅佐。如今陛下拥有天下，而您的子弟却是平民百姓，一旦出现象齐国田常、晋国六卿之类谋杀君主的臣子，没有辅佐，*谁来救援呢？凡事不师法古人而能长久的，还没有听说过。刚才周青臣又当面阿谀，以致加重陛下的过失，这不是忠臣。”始皇把他们的意见下交群臣议论。丞相李斯说：“五帝的制度不是一代重复一代，夏、商、周的制度也不是一代因袭一代，可是都凭着各自的制度治理好了，这并不是他们故意要彼此相反，而是由于时代变了，情况不同了。现在陛下开创了大业，建立起万世不朽之功，这本来就不是愚陋的儒生所能理解的。况且淳于越所说的是夏、商、周三代的事，哪里值得取法呢？从前诸侯并起纷争，才大量招揽游说之士。现在天下平定，法令出自陛下一人，百姓在家就应该致力于农工生产，读书人就应该学习法令刑禁。现在儒生们不学习今天的却要效法古代的，以此来诽谤当世，惑乱民心。丞相李斯冒死罪进言：古代天下散乱，没有人能够统一，所以诸侯并起，说话都是称引古人为害当今，矫饰虚言挠乱名实，人们只欣赏自己私下所学的知识，指责朝廷所建立的制度。当今皇帝已统一天下，分辨是非黑白，一切决定于至尊皇帝一人。可是私学却一起非议法令，教化人们一听说有命令下达，就各根据自己所学加以议论，入朝就在心里指责，出朝就去街巷谈议，在君主面前夸耀自己以求取名利，追求奇异说法以抬高自己，在民众当中带头制造谤言。象这样却不禁止，在上面君主威势就会下降，在下面朋党的势力就会形成。臣以为禁止这些是合适的。我请求让史官把不是秦国的典籍全部焚毁。除博士官署所掌管的之外，天下敢有收藏《诗》、《书》、诸子百家著作的，全都送到地方官那里去一起烧掉。有敢在一块儿谈议《诗》、《书》的处以死刑示众，借古非今的满门抄斩。官吏如果知道而不举报，以同罪论处。命令下达三十天仍不烧书的，处以脸上刺字的黥刑，处以城旦之刑四年，发配边疆，白天防寇，夜晚筑城。所不取缔的，是医药、占卜、种植之类的书。如果有人想要学习法令，就以官吏为师。”秦始皇下诏说：“可以。”
三十五年（前212），开始修筑道路，经由九原一直修到云阳，挖掉山峰填平河谷，笔直贯通。这时始皇认为咸阳人口多，先王宫廷窄小，听说周文王建都在丰，武王建都在镐（ｈàｏ，号），丰、镐两城之间，才是帝王的都城所在。于是就在渭水南上林苑内修建朝宫。先在阿房（ē ｐáｎｇ，阴平鹅、旁）建前殿，东西长五百步，南北宽五十丈，宫中可以容纳一万人，下面可以树立五丈高的大旗。四周架有天桥可供驰走，从宫殿之下一直通到南山。在南山的顶峰修建门阙作为标志。又修造天桥，从阿房跨过渭水，与咸阳连接起来，以象征天上的北极星、阁道星跨过银河抵达营室星。阿房宫没有建成；计划等竣工之后，再选择一个好名字给它命名。因为是在阿房修筑此宫，所以人们就称它为阿房宫，爱过宫刑、徒刑的七十多万人，分别被派去修建阿房宫，有的去营建骊山。从北山开采来山石，从蜀地、荆地运来木料。关中总共建造宫殿三百座，关外建四百座。于是在东海边的朐（ｑú，渠）山上竖立大石，作为秦朝国境的东门。为此迁徙三万家到骊邑，五万家到云阳，都免除十年的赋税和徭役。
卢生劝说始皇道：“我们寻找灵芝、奇药和仙人，一直找不到，好像是有什么东西伤害了它们。我们心想，皇帝要经常秘密出行以便驱逐恶鬼，恶鬼避开了，神仙真人才会来到。皇上住的地方如果让臣子们知道，就会妨害神仙。真人是入水不会沾湿，入火不会烧伤的，能够乘驾云气遨游，寿命和天地共久长。现在皇上治理天下，还没能做到清静恬淡。希望皇上所住的宫室不要让别人知道，这样，不死之药或许能够得到。”于是始皇说：“我羡慕神仙真人，我自己就叫‘真人’，不再称‘朕’了。”于是令咸阳四旁二百里内的二百七十座宫观都用天桥、甬道相互连接起来；把帷帐、钟鼓和美人都安置在里边，全部按照所登记的位置不得移动。皇帝所到的地方，如有人说出去，就判死罪。有一次皇帝幸临梁山宫，从山上望见丞相的随从车马众多，很不赞成。宦官近臣里有人把这件事告诉了丞相，丞相以后就减少了车马数目，始皇生气地说：“这是宫中有人泄露了我的话。”经过审问，没有人认罪，就下诏把当时跟随在旁的人抓起来，全部杀掉。从此以后再没有人知道皇帝的行踪。处理事务，群臣接受命令，全在咸阳宫进行。
侯生、卢生一起商量说：“始皇为人，天性粗暴凶狠，自以为是，他出身诸侯，兼并天下，诸事称心，为所欲为，认为从古到今没有人比得上他。他专门任用治狱的官吏，狱吏们都受到亲近和宠幸。博士虽然也有七十人，但只不过是虚设充数的人员。丞相和各位大臣都只是接受已经决定的命令，依仗皇上办事。皇上喜欢用重刑、杀戮显示威严，官员们都怕获罪，都想保持住禄位，所以没有人敢真正竭诚尽忠。皇上听不到自己的过错，因而一天更比一天骄横。臣子们担心害怕，专事欺骗，屈从讨好。秦法规定，一个方士不能兼有两种方术，如果方术不能应验，就要处死。然而占侯星象云气以测吉凶的人多达三百，都是良土，然而由于害怕获罪，就得避讳奉承，不敢正直地说出皇帝的过错。天下的事无论大小都由皇上决定，皇上甚至用称来称量各种书写文件的竹简木简的重量，日夜都有定额，阅读达不到定额，就不能休息。他贪于权势到如此地步，咱们不能为他去找仙药。”于是就逃跑了。始皇听说二人逃跑，十分恼怒地说：“我先前查收了天下所有不适用的书都把它们烧掉。征召了大批文章博学之士和有各种技艺的方术之士，想用他们振兴太平，这些方士想要炼造仙丹寻找奇药。今天听说韩众逃跑了不再还报。徐市等人花费的钱以数万计算，最终也没找到奇药，只是他们非法谋利互相告发的消息传到我耳朵里。对卢生等人我尊重他们，赏赐十分优厚，如今竟然诽谤我，企图以此加重我的无德。这些人在咸阳的，我派人去查问过，有的人竟妖言惑众，扰乱民心。”于是派御吏去一一审查，这些人辗转告发，一个供出一个，始皇亲自把他们从名籍上除名，一共四百六十多人，全部活埋在咸阳，让天下的人知道，以惩戒以后的人。征发更多的流放人员去戌守边疆。始皇的大儿子扶苏进谏说：“天下刚刚平定，远方百姓还没有归附，儒生们都诵读诗书，效法孔子，现在皇上一律用重法制裁他们，我担心天下将会不安定，希望皇上明察。”始皇听了很生气，就派扶苏到北方上郡去监督蒙恬的军队。
三十六年（前211），火星侵入心宿（ｘｉù，秀），这种天象象征着帝王有灾。有颗陨星坠落在东郡，落地后变为石块，老百姓有人在那块石头上刻了“始皇帝死而土地分。”始皇听说了，就派御史前去挨家查问，没有人认罪，于是把居住在那块石头周围的人全部抓来杀了，焚毁了那块陨石。始皇不高兴，让博士作了一首《仙真人诗》，等到巡行天下时，走到一处就传令乐师弹奏唱歌。秋天，使者从关东走夜路经过华阴平舒道，有人手持玉璧拦住使者说：“替我送给滈（ｈàｏ，皓）池君。”趁便说：“今年祖龙死。”使者问他缘由，那人忽然就不见了，放下那真玉璧离去。使者捧回玉璧向秦王陈述了所遇见的情况。始皇沉默了好一会，说：“山里鬼怪本来不过能预知一年的事。”当时已是秋季，始皇说今年的日子已不多，这话未必能应验。到退朝时他又说：“祖龙就是人的祖先。”故意把“祖”解释成祖先，祖先是已死去的人，因此“祖龙死”自然与他无关。始皇让御府察看那块玉璧，竟然是始皇二十八年出外巡视渡江时沉入水中的那块。于是始皇为此事进行占卜，占卜的结果是迁徙才吉利。迁移三万户人家到北河、榆中地区，每户授给爵位一级。
三十七年（前210）十月癸丑日，始皇外出巡游。左丞相李斯跟随着，右丞相冯去疾留守京城。少子胡亥想去巡游，要求跟随着，皇上答应了他。十一月，走到云梦，在九疑山遥祭虞舜。然后乘船沿长江而下，观览籍柯，渡过海渚（ｚｈǔ，煮），经过丹阳，到达钱塘。到浙江边上的时候，水波凶险，就向西走了一百二十里，从江面狭窄的地方渡过。登上会稽山，祭祀大禹，遥望南海。在那里刻石立碑，颂扬秦朝的功德。碑文是：
皇帝功业伟大，统一平定天下，德惠深厚久长。三十七年，亲自巡行天下，遍游观览远方。登临会稽山峰，考察民间习俗，百姓恭敬景仰。群臣齐颂功德，推原皇帝事迹，追溯英明高强。秦朝圣王登位，创制刑法名称，阐述旧有规章。建立公平法则，审慎区分职责，确立永久纲纪。六国之王专横，贪利傲慢凶狠，凭借人多逞强。暴虐横行无忌，倚仗武力骄横，屡动干戈打仗。暗中安置坐探，联合六国合纵，行为卑鄙猖狂。对内说谎狡诈，向外侵我边境，由此引起祸殃。仗义扬威诛讨，消灭凶暴叛逆，乱贼终于灭亡。圣德广博深厚，天地四海之内，恩泽覆盖无疆。皇帝统一天下，一人兼理万机，远近到处清明。执掌管理万物，考察验证事实，分别记录其名。贵*都能相通，好坏当前陈述，无人隐瞒实情。治有过扬道义，有夫弃子而嫁，背夫不贞无情。以礼分别内外，禁止纵欲放荡，男女都应洁诚。丈夫在外yín乱，杀了没有罪过，男子须守规程。妻子弃夫逃嫁，子不认她为母，都要感化清正。治理荡涤恶俗，全民承受教化，天下沐浴新风。人人遵守规矩，和好安定互勉，无不顺从命令。百姓美善清洁，全都自愿守法，乐保天下太平。后人敬奉圣法，大治大安无边，车船不翻不倾。众臣颂扬功业，请求刻石作铭，传千古放光明。
始皇返回，途经吴地，从江乘县渡江。沿海岸北上，到达琅邪。方士徐市等人入海寻找仙药，好几年也没找到，花费钱财很多，害怕遭受责罚，就欺骗说：“蓬莱仙药可以找到，但常被大鲨鱼困扰，所以无法到达，希望皇上派善于射箭的人一起去，遇到大鲨鱼就用装有机关可以连续发射的弓弩射它。”始皇作梦与海神交战，海神的形状好象人。请占梦的博士给圆梦，博士说：“水神本来是看不到的，它用大鱼蛟龙做侦探。现在皇上祭祀周到恭敬，却出现这种恶神，应当除掉它，然后真正的善神就可以找到了。”于是命令入海的人携带捕大鱼的工具，亲自带着有机关的弓弩去等侯大鱼出来以便射它。从琅邪向北直到荣成山，都不曾遇见。到达之罘的时候，遇见了大鱼，射死了一条。接着又沿海向西进发。
秦始皇到达平原津时生了病。始皇讨厌说“死”这个字，群臣没有敢说死的事情。皇帝病得更厉害了，就写了一封盖上御印的信给公子扶苏说：“回咸阳来参加丧事，在咸阳安葬。”信已封好了，存放在中东府令赵高兼掌印玺事务的办公处，没有交给使者。七月丙寅日，始皇在沙丘平台逝世。丞相李斯认为皇帝在外地逝世，恐怕皇子们和各地乘机制造变故，就对此事严守秘密，不发布丧事消息。棺材放置在既密闭又能通风的辒（ｗēｎ，温）凉车中，让过去受始皇宠幸的宦官做陪乘，每走到适当的地方，就献上饭食，百官象平常一样向皇上奏事。宦官就在辒凉车中降诏批签。只有胡亥、赵高和五六个曾受宠幸的宦官知道皇上死了。赵高过去曾经教胡亥写字和狱律法令等事，胡亥私下里很喜欢他。赵高与公子胡亥、丞相李斯秘密商量拆开始皇赐给公子扶苏的那封已封好的信。谎称李斯在沙丘接受了始皇遗诏，立皇子胡亥为太子。又写了一封信给公子扶苏、蒙恬，列举他们的罪状，赐命他们自杀。这些事都记载在《李斯列传》中，继续往前走，从井陉到达九原。正赶上是暑天，皇上的尸体在辒凉车中发出了臭味，就下令随从官员让他们往车里装一石有腥臭气的腌鱼，让人们分不清尸臭和鱼臭。
一路行进，从直道回到咸阳，发布治丧的公告。皇太子继承皇位，就是二世皇帝。九月，把始皇安葬在郦山。始皇当初刚刚登位，就挖通治理了郦山，到统一天下后，从全国各地送来七十多万徒役，凿地三重泉水那么深，灌注铜水，填塞缝隙，把外棺放进去，又修造宫观，设置百官位次，把珍奇器物、珍宝怪石等搬了进去，放得满满的。命令工匠制造由机关操纵的弓箭，如有人挖墓一走近就能射死他。用水银做成百川江河大海，用机器递相灌注输送，顶壁装有天文图象，下面置有地理图形。用娃娃鱼的油脂做成火炬，估计很久不会熄灭。二世说：“先帝后宫妃嫔没有子女的，放她们出去不合适。”就命令这些人全部殉葬，殉葬的人很多。下葬完毕，有人说是工匠制造了机械，墓中所藏宝物他们都知道，宝物多而贵重，这就难免会泄露出去。隆重的丧礼完毕，宝物都已藏好，就封闭了墓道的中间一道门，又把墓地最外面的一道门放下来，工匠们全部被封闭在里边，没有一个再出来的。墓上栽种草木，从外边看上去好像一座山。
二世皇帝元年（前209），二世二十一岁，赵高担任郎中令，执掌朝廷大权。二世下诏，增加始皇祠庙里用来祭祀的牲畜数量，增加山川各种祭祀的礼仪。命令大臣们讨论推尊始皇庙号的事。大臣们都叩头说：“古时候天子的祖庙为七庙，祭祀七代祖宗，诸侯五庙，大夫三庙，如今始皇庙是至高无上的，即使是万世以后也不能毁除，天下人都要贡献祭品赋税，增加祭祀用的牲畜，礼仪完全具备，不能有比这个再高的。先王庙有的在西雍，有的在咸阳。天子按礼仪应当单独捧着经多次酿制而且质醇的酎（ｚｈｏù，纣）酒祭祀始皇庙。从襄公以下的庙都毁除。所建共七庙。大臣们都依礼进献祭祀，推尊始皇庙为皇帝始祖庙。皇帝仍自称为‘朕’。”
二世跟赵高商议说：“我年纪轻，刚登位，百姓还不顺从。先帝巡视各郡县，以显示他的强有力，威势震服海内。现在我安然住在皇宫不出巡游，就让人看着我无能，没有办法统治天下。”春天，二世东行巡视郡县，李斯跟随着。到达碣石山，沿海南行到达会稽，在始皇所立的石碑上都刻上字，碑石旁都增刻上随从的大臣的名字，以使先帝的功业盛德更加明显。
皇帝说：“金石碑刻全是始皇帝建造的。现在我承袭了皇帝名号，可是金石碑刻上不称始皇帝，以后年代久远了，就好像是后代子孙建造的，以致不能称扬始皇帝的功业和盛德。”丞相臣李斯、臣冯去疾、御史大夫臣德冒死罪进言说：“我们请求把诏书全刻在石碑上，这样就明白了。为臣冒死罪请求。”制书批复说：“可以。”
接着到了辽东，然后返回。
这时候秦二世就按照赵高的建议，申明法令。他暗中与赵高谋划说：“大臣们都不服从，官吏还很有力，还有各位皇子一定要跟我争权，对这些我该怎么办呢？”赵高说：“这些话我本来就想说却没敢说。先帝在位时的大臣，都是接连多少代有名望的贵人，建功立业，世代相传，已经很久了。如今为臣赵高生来卑*，幸蒙陛下抬举，让我身居高位，管理宫廷事务。大臣们并不满意，只在表面上服从，实际上心里不服。现在皇上出巡，何不借此机会查办郡县守尉中的有罪者，把他们杀掉，这样，在上可以使皇上的威严震天下，在下可以除掉皇上一向所不满意的人。现时不能师法文治而应取决于武力，希望陛下能顺应时势，切勿犹豫，那么大臣们就来不及谋算了。英明的君主收集举用那些被弃不用的人。让卑*的显贵起来，让贫穷的富裕起来，让疏远的变得亲近，这样就能上下团结国家安定了。”二世说：“好！”于是就诛杀大臣和皇子们，制造罪名连带拘捕近侍小臣中郎、外郎、散郎，没有一个得以免罪，六个皇子被杀死在杜县。皇子将闾兄弟三人被囚禁在内宫，议定他们的罪状。秦二世派使者命令将闾说：“你们不尽臣道，当外死罪，官吏依法行刑来了。”将闾说：“宫廷的礼节，我从来不敢不听从掌管司仪的宾赞；朝廷的位次，我从来不敢有失礼节；奉命对答，我从来不敢说错话。怎么能说不尽臣道呢？希望能知道罪名再死。”使者说：“我不能参与谋议，只是奉命行事。”将闾仰天大声呼喊，呼喊了几次说：“天啊！我没有罪！”兄弟三人都流着眼泪拔剑自杀了。皇族为之震惊恐慌。大臣们进谏的被认为是诽谤，大官们为保住禄位而屈从讨好，百姓震惊恐惧。
四月，二世返回到咸阳，说：“先帝因为咸阳朝廷小，所以营建阿房宫，室堂还没有建成，赶上始皇去世，只得让修建的人停下来，调到郦山去修墓。郦山修墓的工作已全部完毕，现在放下阿房宫而不把它建成，就是表明先帝办事有失误。”又开始修建阿房宫。对外安抚四方的外族，遵循始皇的策略，征召了五万身强力壮的兵丁守卫咸阳。下令教习射箭，还要饲养供宫廷玩赏的狗马禽兽，兵丁狗马禽兽所需粮食很多，估计咸阳仓里的粮食不够用，就从下面各郡县征调运来粮食和饲料，让转运人员都自带干粮，咸阳四百里之内不准吃这些粮食。施法更加严酷。
七月，戌卒陈胜等在原生楚国之地造反，国号为“张楚”取张大楚国之意。陈胜自立为楚王，住在陈县，派遣将领们夺取土地。崤山函谷关以东的山东各郡县，年轻人因为受尽秦朝官吏之苦，都杀掉了他们的郡守、郡尉、县令、县丞，起来造反，以响应陈胜，并在各地相继拥立侯王，取合起来向西进攻，旗号都是讨伐秦朝，人数多得数也数不清。掌管传达通报的谒者出使山东回来，把山东造反的情况报告了二世。二世很生气，就把谒者下交给主管官吏去处理。后边的使者回来，皇上问他，他回答说：“那不过是一群盗匪，郡守、郡尉正在追捕，现在全部抓获了，不值得担心。”皇上高兴了。武臣自立为赵王，魏咎为魏王，田儋（ｄāｍ，担）为齐王，沛公在沛县起义。项梁在会稽郡起兵。
二年（前208）冬天，陈胜派遣的周章等将领向西到达戏水，兵力有几十万。二世大为吃惊，跟群臣商议说：“怎么办？”少府章邯说：“盗匪已经来了，人数多势力强，现在征发附近各县的军队是来不及了。郦山徒役很多，请赦免他们，授予他们兵器去迎击起义军。”于是二世大赦天下，派章邯领兵为将，打败了周章的军队，周章败逃，被杀死在曹阳。二世又增派长史司马欣、董翳（ｙì，义）去帮助章邯攻打起义军，在城父杀死了陈胜，在定陶打败了项梁，在临济杀死了魏咎。楚地起义军的名将已经被杀死，章邯就向北渡过黄河，到钜鹿攻打赵王赵歇等人。
赵高劝说二世道：“先帝登位治理天下时间很久，所以群臣不敢做非分之事，不敢进言异端邪说。现在陛下正年轻，刚登皇位，怎么能跟公卿在朝廷上议决大事呢？事情如果有错误，就让群臣看出了自己的弱点。天子称“朕”，朕既然有征兆的意思，本来就是不让别人听到他的声音。”于是二世经常居住在深宫之内，只跟赵高一个人决定各种事情。从这以后公卿很少有机会朝见皇上，各地起义的人更多了，关中军队被征发到东边去攻打起义军的一直没有停止。右丞相冯去疾、左丞相李斯、将军冯劫进谏说：“关东各路盗贼纷纷而起，朝廷派兵前去诛讨，杀死的人很多，然而还不能平息。盗贼多都是因为戌边、运输、劳作的事情太劳苦，赋税太重。我们请求暂停阿房宫的修建，减少戌边兵役和运输徭役。”二世说：“我听韩子说：‘尧、舜用柞木做椽子，不进行砍削加工，用芦苇茅草盖屋顶不修剪，吃饭用瓦碗，喝水用瓦罐，即使是看门人的供养，也不会比这再俭薄了。禹平凿龙门，疏通大夏，疏导黄河淤积停滞之水，引水入海，亲自拿着杵和锹，小腿上的毛都被磨光了，即使是奴隶的劳苦，也不会比这再厉害了。’人们之所以看重享有天下，就是为了能纵欲而为，尽情享受，做君主重要的是修明法制，这样，臣下就不敢干坏事，就能统治天下了。虞、夏的君主，地位尊贵，做了天子，却身处穷苦境地，为百姓作出牺牲，这还有什么值得学习呢？天下被称为万乘（ｓｈèｎｇ，胜）之主，拥有万辆兵车，我身居万乘之高位，却没有万乘的实际，我要建造千乘之车驾，设立万乘之徒属，让实际跟我的名号相副。再说，先帝出身于诸侯，兼并了天下，天下已经平定，对外排除四方外族以安定边境，对内修建宫室来显示成功的得意，你们都看到了先帝功业已经就序。而现在我登位两年的时间，盗贼纷起，你们不能禁止，又想要终止先帝所要做的事情。这样做，对上不能报答先帝，其次也是不为我尽忠尽力，你们还凭什么身处高位呢？”于是把冯去疾、李斯、冯劫下交给狱吏，审讯追究三人的其他罪过。冯去疾、冯劫说：“将相不能受侮辱。”自杀了。李斯结果被囚受刑。
二世三年（前207），章邯等率兵包围了巨鹿，楚国上将军项羽率领楚兵前去援救巨鹿。冬天，赵高担任丞相，终于判决杀了李斯。夏天，章邯等作战多次败退，二世派人去谴责章邯，章邯害怕了，就派长史司马欣回京汇报情况，请求指示。赵高既不接见，也不信任。司马欣害怕了，赶紧逃离，赵高派人去追，没有追到。司马欣见到章邯说：“赵高在朝廷中掌权，将军您有功是被杀，无功也是被杀。”这时，项羽加紧进攻秦军，俘虏了王离，章邯等人就率兵投降了诸侯。八月己亥日，赵高想要谋反，恐怕群臣不听从他，就先设下计谋进行试验，带来一只鹿献给二世，说：“这是一匹马。”二世笑着说：“丞相错了，把鹿说成是马。”问左右大臣，左右大臣有的沉默，有的故意迎合赵高说是马，有的说是鹿，赵高就在暗中假借法律陷害那些说是鹿的人。以后，大臣们都畏惧赵高。
赵高以前多次说：“关东的盗贼成不了什么气侯。”后来项羽在钜鹿城下俘虏了王离等人并继续前进，章邯等人的军队多次败退，上书请求增援，燕国、赵国、齐国、楚国、韩国、魏国都自立为王，从函谷关往东，大抵全部背叛了秦朝官吏而响应诸侯，诸侯都率兵西进。沛公率领几万人屠灭了武关，派人来跟赵高秘密接触。赵高害怕二世发怒，诛杀加害自身，就谎称有病不去朝见皇上。二世梦见一只白虎咬了他车驾的骖（ｃāｎ，参）马，他杀了那只白虎，但心中不乐，觉得奇怪，就去问解梦的人。解梦人卜得卦辞说：“泾水水神在作怪。”二世就在望夷宫斋戒，想要祭祀泾水水神，把四匹白马沉入泾水。二世派人以起义者日益逼近的事谴责赵高。赵高恐惧不安，就暗中跟他的女婿咸阳县令阎乐、他的弟弟赵成商量说：“皇上不听劝谏，如今事态危急，想要把罪祸推给咱们家族。我想另立天子，改立公子婴。子婴仁爱谦下，百姓都拥护他的话。”就让郎中令作内应，谎称有大盗，命令阎乐召集官吏发兵追捕，又劫持了阎乐的母亲，安置到赵高府中当人质。派阎乐带领官兵一千多人在望夷宫殿门前，捆绑上卫令仆射，喝问道：“盗贼从这里进去了，为什么不阻止？”卫令说：“皇宫周围警卫哨所都有卫兵防守，十分严密，盗贼怎么敢进入宫中？”阎乐就斩了卫令，带领官兵径直冲进去，一边走一边射箭，郎官宦官大为吃惊，有的逃跑，有的格斗，格斗的就被杀死，被杀死的有几十人。郎中令和阎乐一同冲进去，用箭射中了二世的帷帐。二世很生气，召唤左右的人，左右的人都慌乱了不敢动手。旁边有一个宦官服侍着二世不敢离开。二世进入内宫，对他说：“您为什么不早告诉我，竟到了现在这种地步！”宦官说：”为臣不敢说，才得以保住性命，如果早说，我们这班人早就都被您杀了，怎能活到今天？”阎乐走上前去历数二世的罪状说：“你骄横放纵、肆意诛杀，不讲道理，天下的人都背叛了你，怎么办你自己考虑吧！”二世说：“我可以见丞相吗？”阎乐说：“不行。”二世说：“我希望得到一个郡做个王。”阎乐不答应。又说：“我希望做个万户侯。”还是不答应。二世又说：“我愿意和妻子儿女去做普通百姓，跟诸公子一样。”阎乐说：“我是奉丞相之命，为天下人来诛杀你，你即使说了再多的话，我也不敢替你回报。”于是指挥士兵上前。二世自杀。
阎乐回去禀报赵高，赵高就召来了所有的大臣和公子，把杀死二世的情况告诉了他们。赵高说：“秦国本来是个诸侯国，始皇统治了天下，所以称帝。现在六国又各自立了王，秦国地盘越来越小，竟然还凭着个空名称皇帝，这不合适。应象过去一样称王，才合适。”于是立二世兄长的儿子婴为秦王。按照平民的葬仪把二世埋葬在杜南宜春苑中。让子婴斋戒，到宗庙去拜祖先，接受国王印玺。斋戒五天后，子婴跟他的两个儿子商议说：“丞相赵高在望夷宫杀了二世，害怕大臣们杀他，就假装按照道义立我为王。我听说赵高竟与楚国约定，灭掉秦宗室后他在关中称王。现在让我斋戒，朝见宗庙，这是想趁着我在庙里把我杀掉。我推说生病不能前往，丞相一定会亲自来，他来了就杀掉他。”赵高派人去请子婴，前后去了好几趟，子婴却不走，赵高果然亲自去请。说：“国家大事，王为什么不去呢？”子婴于是在斋宫杀了赵高，杀死赵高家三族，在咸阳示众。子婴做秦王四十六天，楚将沛公打败秦军进入武关，接着就到了霸上，派人去招降子婴。子婴用丝带系上脖子，驾着白车白马，捧着天子的印玺符节，在轵道亭旁投降。沛公于是进入咸阳，封了宫室府库，回师驻扎在霸上。过了一个多月，各路诸侯的军队也到了，项羽是各路诸侯的盟主，杀了子婴和秦公子宗室所有的人。随后屠戮咸阳，焚烧宫室，俘虏宫女，没收秦宫的珍宝财物，跟各路诸侯一起分了。灭掉秦王朝之后，把原来秦国的地盘划成三份各自为王，就是雍王、塞王、翟王，号称三秦。项羽为西楚霸王，主持分割天下，赐封诸侯王，秦朝终于灭亡了。此后五年，天下统一于汉。
太史公说：秦朝的祖先伯益，在唐尧、虞舜的时候，曾经建立功勋，被封给土地，受赐姓嬴。到夏朝、商朝时衰落了。到周朝衰落的时候，秦国兴起，在西部边境建起城邑。从穆公即位以来，逐渐蚕食诸侯，最终成就了始皇。始皇自以为功业比五帝伟大，地盘比三王宽广，就认为跟五帝、三王相比是羞耻。贾生评论的话说得多好啊！他说：
秦朝兼并了诸侯，山东有三十多个郡，修筑渡口关隘，占据着险要地势，修治武器，守护着这些地方。然而陈涉凭着几百名散乱的戌卒，振臂大呼，不用弓箭矛戟等武器，光*锄把和木棍，虽然没有给养，但只要看到有人家住的房屋就能吃上饭，纵横驰骋天下，所向无敌。秦朝险阻之地防守不住了，关卡桥梁封销不封了，长戟刺不了，强弩射不了。楚军很快深入境内，鸿门一战，竟然连篱笆一样的阻拦都没有遇到。于是山东大乱，诸侯纷纷起事，豪杰相继立王。秦王派章邯率兵东征，章邯得此机会，就凭着三军的众多兵力，在外面跟诸侯相约，做交易，图谋他的主上。大臣们不可信用，从这件事就可以看出来了。子婴登位，最终也不曾觉悟，假使子婴有一般君主的才能，仅仅得到中等的辅佐之臣，山东地区虽然混乱，秦国的地盘还是可以保全的，宗庙的祭祀也不会断绝。
秦国地势有高山阻隔，有大河环绕，形成坚固防御，是个四面都有险要关塞的国家。从穆公以来，一直到秦始皇，二十多个国君，经常在诸侯中称雄。难道代代贤明吗？这是地位形势造成的呀！再说天下各国曾经同心合力进攻秦国。在这种时候，贤人智士会聚，有良将指挥各国的军队，有贤相沟通彼此的计谋，然而被险阻困住不能前进，秦国就引诱诸侯进入秦国境内作战，为他们打开关塞，结果山东百万军队败逃崩溃。难道是因为勇气、力量和智慧不够吗？是地形不利，地势不便啊。秦国把小邑并为大城，在险要关塞驻军防守，把营垒筑得高高的而不轻易跟敌方作战，紧闭关门据守险塞，肩扛矛戟守卫在那里。诸侯们出身平民，是为了利益联合起来，并没德高望众而未居王位者的德行。他们的交往不亲密，他们的下属不亲附。名义上是说灭亡秦朝，实际上是为自己谋求私利。他们看见秦地险阻难以进犯，就必定退兵。如果他们能安定本土，让人民休养生息，等待秦的衰败，收纳弱小，扶助疲困，那么凭着能对大国发号施令的君主，就不用担心在天下实现不了自己的愿望了。可是他们尊贵身为天子，富足拥有天下，自己却遭擒获，这是因为他们挽救败亡的策略错误啊。
秦王满足一己之功，不求教于人，一错到底而不改变。二世承袭父过，因循不改，残暴苛虐以致加重了祸患。子婴孤立无亲，自处危境，却又柔弱而没有辅佐，三位君主一生昏惑而不觉悟，秦朝灭亡，不也是应该的吗？在这个时候，世上并非没有深谋远虑懂得形势变化的人士，然而他们所以不敢竭诚尽忠，纠正主上之过，就是由于秦朝的风气多有忌讳的禁规，忠言还没说完而自己就被杀戮了。所以使得天下之士只能侧着耳朵听，重叠双脚站立，闭上嘴巴不敢说话。因此，三位君主迷失了路途，而忠臣不敢进谏言，智士不敢出主意，天下已经大乱，皇上还不知道，难道不可悲吗？先王知道壅塞不通就会伤害国家，所以设置公卿、大夫和士，来整治法律设立刑罚，天下因而得到治理。强盛的时候，禁止残暴诛讨叛乱，天下服从；衰弱的时候，五霸为天子征讨，诸侯也顺从；土地被割削的时候，在内能自守备，在外还有亲附，社稷得以保存。所以秦朝强盛的时候，繁法严刑，天下震惊；等到它衰弱的时候，百姓怨恨，天下背叛。周朝的公、侯、伯、子、男五等爵位合乎根本大道，因而传国一千多年不断绝。而秦朝则是本末皆失，所以不能长久。由此看来，安定和危亡的纲纪相距太远了！俗话说‘前事不忘，后事之师’（过去的经验教训不忘记，就是以后做事的借鉴）。因此君子治理国家，考察于上古的历史，验证以当代的情况，还要通过人事加以检验，从而了解兴盛衰亡的规律，详知谋略和形势是否合宜，做到取舍有序，变化适时，所以历时长久，国家安定。
秦孝公占据了殽山和函谷关的险固地势，拥有雍州的土地，君臣牢固防守，窥伺着周朝王室以图夺取政权，心怀席卷天下、包举宇内的意图，有着囊括四海、并吞八方的雄心。那时候，商君辅佐他，对内建立法令制度，致力于农耕和纺织，修治防守和攻战的器械设备，对外实行连衡，挑起诸侯之间的争斗，于是秦国人仅以举手之劳就取得了西河以外的土地。
孝公死后，惠王、武王继承原有的基业，遵循孝公留下来的策略，向南兼并了汉中，向西夺得了巴、蜀，向东割取了肥沃的土地，占据了险要的郡
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