1、学术学位硕士研究生：以培养从事基础理论或应用基础理论研究人员为目标，侧重于学术理论水平和实验研究能力的培养，学生毕业时授予相应学科门类的学术型学位;在招生专业目录中，专业代码以“100”开头的专业均培养此类型硕士研究生。学术学位研究生主要集中在含浦校区进行培养。
2、专业学位硕士研究生：以培养高级医学应用型人才为目标，侧重于从事医学实践工作能力的培养，学生毕业时授予专业学位，在招生专业目录中，专业代码以“105”开头的专业均培养此类型硕士研究生。专业学位研究生主要集中在东塘校区集中授课，分散在各附属医院和非直属附属医院培养。