关于命门的位置，历来有不少争论，归纳起来有以下几种。
1.左肾右命门说：肾有二枚，左肾为肾，右肾为命门之说，始自《难经》。“肾两者，非皆肾也，其左者为肾，右者为命门”(《难经·三十六难》)。自此以后，晋·王叔和《脉经》，宋·陈无择《三因方》、严用和《济生方》，明·李梃《医学人门》等均遵此说。
2.两肾总号命门说：明·虞抟否定左为肾右为命门之说，明确指出“两肾总号为命门”，谓：“夫两肾固为真元之根本，性命之所关，虽为水脏，而实为相火寓乎其中，愚意当以两肾总号命门”(《医学正传》)。明·张景岳认为：“肾两者，坎外之偶也;命门一者，坎中之奇也。以一统两，两而包一。是命门总乎两肾，而两肾皆属于命门。故命门者，为水火之府，为阴阳之宅，为精气之海，为死生之窦”(《类经附翼·求正录》)。这一学说认为两肾俱为命门，并非在肾之外另有一个命门。
3.两肾之间为命门说：以命门独立于两肾之外，位于两肾之间，实以明·赵献可为首倡。他根据《素问·刺禁论》“七节之旁，中有小心”，认为“此处两肾所寄，左边一肾属阴水，右边一肾属阳水，各开一寸五分，中间是命门所居之官，其右旁即相火也，其左旁即天一之真水也”(《医贯》)。这种论点一直影响到清代，如陈修园《医学三字经》、林佩琴《类证治裁》、张路玉《本经逢原》、黄宫绣《本草求真》等均宗此说。
4.命门为肾间动气说：此说虽然认为两肾中间为命门，但其间非水非火，而只是存在一种原气发动之机，同时又认为命门并不是具有形质的脏器。倡此说者首推明·孙一奎，他认为：“命门乃两肾中间之动气，非水非火，乃造化之枢纽，阴阳之根蒂，即先天之太极，五行以此而生，脏腑以继而生。若谓属水、属火、属脏、属腑，乃是有形之物，则外当有经络动脉而形于诊，《灵》《素》亦必著之于经也”(《医旨绪余》)。