干细胞可以从供体的骨髓或外周血中采集。如果是做自体移植，那么将对您本人预先进行干细胞动员和采集并保存。 1）收集骨髓：用细针从供体髂骨部位抽取骨髓，这些富含干细胞的骨髓将被贮存起来以备移植。
采集过程中，供体处于麻醉状态下，不会感到痛苦。这种方法已基本不采用。 2）采集外周血干细胞：外周血中也存在干细胞，但数量相对较少，需要用一些细胞因子如粒细胞集落刺激因子（G-CSF）等药物来增加外周血中干细胞的数量。当干细胞数量足够多后，就可以通过血细胞分离术进行采集。
血液通过血细胞分离机分离后，干细胞被分离出来，而其余血液回输给供体。采集到的干细胞也将贮存到移植时。一次分离需要3－4小时，为了采集到足够数量的干细胞，通常需要进行1－3次分离术。
外周血细胞分离采集术是相当安全的，使用的是一次性全封闭管道，不会造成任何感染，且此法适用于年龄较小的供体或其他不能经受骨髓采集的人。
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