(一)组织构造
在显微镜下观察根茎的组织构造，可根据中柱和维管束的类型、排列形式，区分蕨类植物、双子叶植物或单子叶植物的根茎。
1．双子叶植物根茎 一般均具次生构造。最外常有木栓层，少数为表皮。如木栓形成层发生在皮层外方，则初生皮层仍然存在，如黄连等；多数根茎仅由栓内层细胞构成次生皮层，皮层中有时可见根迹维管束。内皮层多不明显。中柱外方部位有的具厚壁组织，如纤维和石细胞群，常排成不连续的环。维管束大多为无限外韧型，少数为双韧型，多呈环状排列，束间被射线分隔。中央有髓部。
2．单子叶植物根茎
3．蕨类植物根茎
(二)粉末特征
(三)显微鉴别注意点
1．分泌组织
2．机械组织
3．后含物
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